Bu arada, soruşturma savcıları tarafından hazırlanan iddianamenin yargı organlarınca kullanılan bilgisayar sistemi Ulusal Yargı Ağı Projesi'ne (UYAP) aktarımının devam ettiği belirtildi. Ancak yaklaşık 2000 sayfa olduğu öne sürülen iddianamenin çok uzun olması nedeniyle UYAP'a kısaltılarak aktarılmaya çalışıldığı öğrenildi. 

49 kişi tutuklu
 
Ümraniye'de Çakmak mahallesindeki bir gecekonduda, 12 Haziran 2007'de ele geçirilen 27 el bombası, TNT kalıpları ile fünyelerle ilgili olarak İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nca soruşturma başlatılmıştı.

Bu kapsamda, 16 Haziran 2007'de ilk olarak emekli Astsubay Oktay Yıldırım ve gecekondu sahibi Mehmet Demirtaş, 19 Haziran 2007'de de emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin ile emekli astsubay Mahmut Öztürk tutuklanmıştı.

Bu kişiler dışında emekli tümgeneral Veli Küçük, İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek ve partinin genel sekreteri Nusret Senem, Avukat Kemal Kerinçsiz, emekli binbaşı Fikret Emek, Türk Ortodoks Patrikhanesi Basın sözcüsü Sevgi Erenerol, "Susurluk hükümlüsü" Sami Hoştan, Dç. Dr. Ümit Sayın ve Doç. Dr. Emin Gürses'in de yer aldığı 45 kişi daha tutuklanmıştı.

Olayla ilgili gözaltına alınan eski İstanbul Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu tutuklanması talebiyle sevk edildiği mahkemeden, Cumhuriyet Gazetesi İmtiyaz Sahibi İlhan Selçuk da savcılık sorgusunun ardından serbest bırakılmıştı.

Soruşturmayı yürüten savcılar, ayrıca Sedat Peker, Kürşat Yılmaz, Yaşar Öz, Semih Tufan Gülaltay, "Danıştay Davası" sanıklarından Alparslan Aslan ve Osman Yıldırım'ın da bulunduğu birçok kişinin "şüpheli" olarak, Alaattin Çakıcı ve Ali Avni Balkaner ile bazı kişilerin yer aldığı bazı kişilerin de "tanık" olarak bilgisine başvurmuştu